Anadolu Üniversitesi Fen Fakültesi 1973 yılında kurulmuş, 1982 yılında Fen-Edebiyat Fakültesi olarak, Anadolu Üniversitesi Rektörlüğüne bağlanmıştır.1993 yılında Fen-Edebiyat Fakültesinin Eskişehir Osmangazi Üniversitesi bünyesine geçmesiyle, Anadolu Üniversitesi’nde yeni bir Fen Fakültesi ve bu fakülte bünyesinde yeni bir Biyoloji Bölümü kurulmuş, ilk öğrencilerini 1994- 1995 öğretim yılında alarak eğitim ve öğretime başlamıştır. Biyoloji Bölümü 1994-1995 öğretim yılında kredili sisteme geçmiş, 1998-1999 öğretim yılından itibaren de İngilizce hazırlık sınıfı açılmıştır. 2001 yılında, 24000 m2’lik yeni bir Fen Fakültesi binasına taşınan Biyoloji Bölümü, aynı yıl itibariyle II. Anadal, Yandal ve Üniversite İçi Yatay Geçiş programlarına öğrenci almaya başlamıştır. 2005-2006 öğretim yılından itibaren AKTS kredileri kullanılmaya başlanmış ve Üniversitemiz Avrupa Komisyonu tarafından 2011-2014 AKTS etiketi ile ödüllendirilmiştir. Daha sonra, Fen Fakültesi 18 Mayıs 2018 tarihinde yeni kurulan Eskişehir Teknik Üniversitesine bağlanmıştır